Tämä alleelien sarja vaikuttaa pigmentoinnin luonteeseen, samoin kuin E-sarja ("extension lokus", laajennuslokus jota ei tässä käsitellä). A-sarja määrittää keltaisen ja mustan tai ruskean värin suhteellista jakautumista turkin karvoissa. Tämä jakautuminen vaihtelee Ay-hiiren täysin keltaisesta (geneettisessä mielessä siis, punainen väri on "keltaista pigmenttiä"!) A-hiiren raidallisesta karvasta, aina ae:n turkkiin josta puuttuu keltainen pigmentti kokonaan. Siinä kun suurin osa muista väriin vaikuttavissa geeneistä vaikuttaa keltaisen (punaisen) ja mustan pigmentin syvyyttä, tämä lokus säätelee mitä pigmenttiä hiiren turkissa on ja missä määrin. Tässä suhteessa A-lokus on tärkein lokus hiirenkasvattajalle.
Tässä lokuksessa on raportoitu olevan 401 (2/2014) alleelia, joista tosin 296 on tutkimustuotteita. Lokus sijaitsee kromosomissa 2 ja on viralliselta nimeltään "nonagouti" eli ei-agouti, johtuen perusmutaatiosta villiin tyyppiin verrattuna, eli ei-agouti -geenistä nimeltään a.
A-lokuksella on mielenkiintoinen erityispiirre: vanhemmilta periytymättömien jälkeläisfenotyyppien ilmaantuminen. Raportoituihin tapauksiin kuuluu:
Aw ja at ovat yleisimpiä uudelleenmutatoitumis"kohteita".
A-lokuksen alleelien suuresta määrästä todella moni on spontaaneja uudelleenmutaatioita jo olemassaoleviin alleeleihin. Esim. eri at-mutaatioita on 21, joista 20 spontaaneja. Aw-mutaatiota on niitäkin 20.